库斯托被带到一座塔楼里一间正方形、没有窗户的小屋。屋门两边都塞着棉絮，以减弱室内的尖叫声。屋内唯一的光亮来自桌子上的两根蜡烛，坐在那里的法庭文书已准备好记录他的供词。一名医生和一名外科医生从阴影中回头看着他。

四个彪形大汉上来抓住他，把他紧绑在一个水平的架子上，并在他脖子上套上了一个铁项圈。他们在他双脚上系上绳圈，猛然用力将他的四肢拉直到最大限度。紧接着他们又用绳子捆住库斯托的四肢，每条胳膊和腿都各缠两圈，并由拷问者抓住穿过架子的绳头。库斯托觉得绑在身上的绳子越勒越紧，最后嵌入他的皮肉里。鲜血溅到了他身下的地板上。有人告诉他，如果他在这种折磨中死去，那只能怪他自己太顽固。在他的惨叫声中，审判员仍不停地向他发问。什么是共济会？它的宪章是什么？在聚会时都有哪些活动？最终，他晕了过去，被抬回地牢。

过了6周，裁判员们再次提审他，这次换了一种方式：他被施以可怕的吊刑（strappado）。这次库斯托直立着，双臂被刑讯者缓缓扭向背后，掌心朝外，直到双手的手背贴在一起。随后，他的胳膊被人慢慢向上拉起，直到肩关节脱臼，他开始口吐鲜血。他祈求上天赐予他忍耐的力量，与此同时，审判员们不停追问。共济会是宗教吗？为什么不吸纳女人？是因为你们都是鸡奸者吗？

刑讯结束后，医生给库斯托正骨。待身体恢复了两个月之后，他又一次遭受了酷刑折磨。这一次，他的躯体被锁链缠绕，手腕也被系上了铁链。滑轮把锁链拉得越来越紧，渐渐开始挤压他的内脏，使他的手腕和胳膊脱臼。共济会为什么要保密？你们在隐瞒什么？

库斯托告诉我们，他在埃斯陶斯宫的地牢里总共待了16个月，其间遭受了9次酷刑折磨，就这样一直熬到1744年6月21日，终于轮到他参加异端裁判法庭举行的宣判和处决仪式。当游街示众结束之后，他的8名狱友被执行火刑，活活烧死，而他侥幸活了下来，仅被判处了4年苦役，在桨帆船上做划桨的奴隶。这一判决带来的些许自由让他有机会联系到朋友，听说了他不幸遭遇的朋友找到英国政府出面交涉，这才让他获释。

库斯托于1744年12月15日回到伦敦，随即打算将这段经历诉诸笔端。在他刚刚动笔之际，1745年的“詹姆斯党叛乱”爆发了。“英俊王子”查理·斯图亚特（Bonnie  Prince  Charlie  Stuart）在苏格兰高地竖起军旗，决意要夺回他作为天主教徒对曾属于他祖父之王位的继承权。詹姆斯党的军队长驱直入，打到了英格兰中心的德比市，让首都伦敦人心惶惶。尽管这场叛乱最终被粉碎，但它重新激起了公众对记录罗马教廷野蛮行径的读物的兴趣。《约翰·库斯托为共济会蒙难记》（TheSufferingsofJohnCoustosforFree-Masonry）这本书，连同折磨过其作者的全套刑具的版画应运而生，满足了人们的需求。库斯托一夜之间成了名人。这本书被翻译成了多种语言，到19世纪还在印刷发行。它将共济会及其“不容侵犯的秘密”殉道者的形象呈现在世人眼前。